Le 1er Septembre 1939, les troupes allemandes envahissent la Pologne. La mobilisation générale est déclarée en France, toutes les compétitions sont suspendues.
Deux jours plus tard, la France et l'Angleterre déclarent la guerre au Reich. Les meilleurs éléments des Girondins, Gallice en tête, sont incorporés. Mais rien ne se passe sur le front occidental, c'est l'interminable "drôle de guerre". En catastrophe, les responsables fédéraux organisent un championnat en 3 zones : Nord, Sud-Est et Sud-Ouest. Rouen gagne au Nord, Nice au Sud-Est, et les Girondins au Sud-Ouest.
Après quelques péripéties rocambolesques, on s'apprête à jouer la finale du championnat entre Rouen et Bordeaux, lorsque les armées allemandes se manifestent. Le 10 Mai 1940, les aérodromes français sont bombardés, le 22 Juin c'est l'armistice. La France est occupée, coupée en deux, et Bordeaux fait partie de la zone occupée.
Entre les prisonniers et les soldats ayant pu se réfugier en Afrique du Nord, difficile de constituer une équipe ! Dans ce but, les Girondins fusionnent avec l'Association Sportive du Port (A.S.P.). Les joueurs sont engagés chez les pompiers portuaires, ce qui leur évite le S.T.O. .
Le 15 octobre 1940, les Girondins fusionnent avec l’Association Sportive du Port et le maillot s'orne dès lors d'une ancre de marine à la base du scapulaire, fusion plus « sociale » que sportive.
En effet, alors que la France est plongée en pleine seconde Guerre mondiale en enrôlant les sportifs des Girondins dans le corps des pompiers du port de Bordeaux, Brard leur évite d'être déportés dans le cadre du service du travail obligatoire ou par l'organisation Todt pour la construction du mur de l'Atlantique.
Le championnat 1940-1941 se joue en deux groupes, Nord et Sud, correspondant aux zones occupée et libre. Bordeaux finit 3ème du groupe Nord. Heureusement, la Coupe viendra embellir cette grise saison.