Cette fois, les dirigeants bordelais décident de ne pas précipiter les choses. La remontée se fera en douceur, avec de la suite dans les idées. Les bordelais arrivent en D1 avec un effectif solide. Aux joueurs ayant participé à le remontée (Moevi, Calleja, Rey, Audebert en défense, Gori, Abossolo, Robuschi en attaque, entre autres), vient s'ajouter l'arrière gauche international André Chorda, redoutable contre-attaquant.
Le principal acteur de ce changement : Salvador Artigas. Ce talentueux inter avait effectué un bref passage aux Girondins pendant la guerre; il revient comme entraîneur. C'est un homme rigoureux, intransigeant, ne badinant pas avec la discipline, les joueurs allaient s'en apercevoir. Pour Artigas, les clés du succès sont simples : travailler plus que les autres (d'où une multiplication des entraînements), insister sur la défense, et avoir une hygiène de vie .
La première saison en D1 confirme la justesse des théorie d'Artigas: Bordeaux possède la meilleure défense du championnat, et termine quatrième, performance remarquable pour un promu. La saison suivante, Bordeaux se renforce grâce à Didier Couécou, jeune espoir
et Hector De Bourgoing, redoutable en attaque.
Néanmoins, les résultats sont à la baisse. Avec autant de victoires que de défaites, les bordelais finissent septièmes, à égalité de points avec un promu, Nantes. Cette moyenne 7ème place en championnat, en 1964, est compensée par une nouvelle finale de Coupe, contre Lyon. Malheureusement, les Girondins,sont battus 2-0 .
En championnat, dès la saison suivante, les Canaris prennent l'avantage sur leurs rivaux de l'Atlantique. Nantes est champion 1964-1965, avec 2 points d'avance sur Bordeaux, deuxième.
La saison suivante, Nantes est à nouveau champion, Bordeaux à nouveau deuxième, mais à 7 longueurs.
En 1967, St Etienne reprend le pouvoir aux Nantais, les Girondins finissent quatrièmes. L'âge de l'effectif commence à peser; du coup, Artigas rejoint sa Catalogne pour aller entraîner le F.C. Barcelone....
Avec Salvador Artigas au poste d'entraîneur, Bordeaux revient au premier plan dans les années 60 et flirte avec les sommets sans toutefois décrocher de trophée .