Lors de cette édition, avec quatre victoires en autant de rencontres, Bordeaux termine premier du groupe H et se qualifie donc très facilement pour les seizièmes de finale de la Coupe de l'UEFA . les Girondins de Bordeaux s'inclinent contre Anderlecht en 1/16 de finale (2-1 à l'aller/1-1 au retour).En juin 2007, le Président Jean-Louis Triaud décide de confier les rênes de l'équipe professionnelle à un entraîneur inexpérimenté mais ayant un passé de joueur exceptionnel : Laurent Blanc. Véritable coup de poker en début de saison, Laurent Blanc emmène son groupe à la deuxième place au terme d'une saison aux talons de l'Olympique lyonnais. Les Girondins battent ainsi le nombre de record de points du club avec 75 points et sont qualifiés pour l'édition 2008-2009 de la Ligue des champions.
Lors de la saison 2008-2009, Bordeaux gagne le Trophée des champions en battant Lyon aux tirs au but. Grâce à ce succès, les Girondins deviennent le quatrième club français à avoir remporté au moins une fois tous les trophées nationaux — Championnat de France, Coupe de France, Coupe de la Ligue et Trophée des Champions —, après l’Olympique lyonnais, l’AS Monaco et le Paris Saint-Germain. La même saison, le club remporte sa troisième Coupe de la Ligue face à Vannes, devenant le club ayant le plus de victoires dans cette compétition, à égalité avec le Paris Saint-Germain. À la lutte avec Marseille, le club termine sa saison de Ligue 1 avec une série de onze victoires d'affilée, nouveau record national. Le précédent record de dix victoires consécutives était également codétenu par Bordeaux. Le club devient champion le 30 mai 2009 sur le terrain de Caen ( 0-1 But de Gouffran l'ancien Caenais) et remporte son 6e trophée de Champion de France de son histoire.
Lors de la saison 2009-2010, les Girondins remportent pour la seconde année consécutive le Trophée des champions en battant l'EA Guingamp 2-0 au stade olympique de Montréal devant 34 068 spectateurs. Le 30 août 2009, Marseille met fin à la série de victoires consécutives des Girondins de Bordeaux après un match nul 0-0 au Stade Vélodrome.Le samedi 3 octobre 2009, les Girondins s'inclinent (3-1) face à Saint-Étienne, stoppant ainsi leur série à 18 matchs sans défaite. Ils étaient invaincus en championnat depuis le 7 mars 2009. Mais au soir de la douzième journée de championnat, Bordeaux poursuit néanmoins sa série de victoires consécutives au stade Chaban-Delmas qui compte désormais 13 unités. C'est Valenciennes qui mettra fin à l'invincibilité à domicile des Girondins (39 matchs sans défaite) en les battant 1-0 le 21 novembre.
La saison 2009-2010 est la meilleure des Girondins en Ligue des champions. L'équipe de Laurent Blanc réussit notamment à battre la Juventus, le Bayern Munich (à l'aller comme au retour) et termine première de sa poule, et invaincue. Après avoir battu l'Olympiakos le Pirée en huitièmes de finale (1-0 à l'aller et 2-1 au retour), les Bordelais totalisent sept victoires consécutives, record pour une équipe française en Ligue des champions. Privés de leur capitaine Alou Diarra pour le match aller à la suite de son exclusion en huitième de finale, les Bordelais se font éliminer en quarts par l'Olympique lyonnais de Hugo Lloris sur le score cumulé de trois buts à deux (3-1 / 0-1). La fin de saison se passe mal., des bruits de couloirs font état d'un départ de Laurent Blanc pour entrainer l'équipe de France en fin de saison . Les Girondins perdent en finale de la Coupe de Ligue contre l'OM et terminent la saison 2009/2010 à la sixième place du Championnat les privant de compétition européenne pour la saison suivante
.La saison 2010-2011 est marquée par plusieurs changements majeurs : Laurent Blanc quitte le club et rejoint la sélection nationale, Marouane Chamakh et Yoann Gourcuff rejoignent respectivement Arsenal et l'Olympique lyonnais. Jean Tigana est nommé entraineur des Girondins avec Michel Pavon en adjoint.
L'équipe s'impose en amical contre Osasuna 2-0 mais continue de perdre en championnat et se retrouve relégable avant de battre l'Olympique lyonnais qui était lui aussi dans la zone rouge.Les mauvaises prestations de l'équipe girondine s'enchaînent et la trêve hivernale arrive..La crise couve. Le niveau de jeu de l'équipe est en chute libre et les bordelais se retrouvent au fond du gouffre à la mi-saison. Jean Tigana perd peu à peu le contrôle du vestiaire et des rumeurs persistantes le disent partant.Nicolas de Tavernost, président du groupe M6, propriétaire des Girondins de Bordeaux évoque ses craintes dans la presse locale et déclare que le club ne pourra pas conserver un effectif de ligue des champions si le FCGB ne se qualifie pas pour la prestigieuse Coupe d'Europe.
La fin de saison s'annonce pour le moins difficile. Les Girondins de Bordeaux sont éliminés par Angers en 1/16es de finale de la Coupe de France. Les Girondins subissent une lourde défaite (5-1) à Lorient. Les tensions entre Jean Tigana et son adjoint Michel Pavon éclatent au grand jour au terme de la rencontre. Michel Pavon sera écarté par le Président Triaud le 24 février 2011 en raison des tensions entre Pavon et Tigana. Après une défaite 4 à 0 à domicile contre Sochaux, Jean Tigana présente sa démission, démission acceptée par le Président Jean-Louis Triaud. Éric Bedouet, préparateur physique mais détenteur des diplômes d'entraineur, prend la relève pour la fin de la saison
Pour le dernier match de la saison, Ulrich Ramé est titulaire dans les buts bordelais et capitaine pour son dernier match sous les couleurs girondines. Il sort à la 55e minute sous les ovations de Chaban Delmas.). Les Girondins de Bordeaux terminent septième du championnat et enchainent donc une deuxième saison consécutive sans Coupe d'Europe. C'est la seconde saison consécutive que les Girondins terminent à une place de la Coupe d'Europe.