Les Girondins, appuyés par une série de partenaires solides (Alain Afflelou puis M6), se rétablissent rapidement à un bon niveau, Pour leur retour parmi l'élite, les Girondins, embauchent Rolland Courbis comme entraîneur.
Ce dernier va permettre aux bordelais de jouer d'entrée les premiers rôles. Un recrutement intelligent et opportuniste permet aux Girondins de s'attacher les services de nombreux joueurs, dont l'espoir Zinedine Zidane, le talent de Courbis fait le reste
Les saisons 1992/1993 et 1993/1994 se terminent par deux quatrièmes places remarquable performance pour un promu. Bordeaux retrouve donc l'Europe dès sa première saison en D1. Le parcours en C3 en 1993 sera malheureusement plus court que prévu, à cause de nos amis allemands de Karlsruhe.
A la fin de la saison 1994, Courbis quitte le club. L'entraîneur Toni, est embauché , le changement est rude. D'ailleurs, ça ne marche pas du tout. Malgré la qualité de l'effectif, le jeu n'est pas à la hauteur.
En championnat les Girondins passent de la 4ème à la 9ème place, et Toni est limogé après un cinglant 3-6 à Monaco. Eric Guérit, finit entraîneur, Bordeaux termine 7ème.
Lors de la saison 95/96 le parcours des girondins est désolant . Le maintien n'est assuré qu'à la 37ème journée, et les Girondins finissent 16èmes. La plus mauvaise saison depuis 1978 !!! Pour couronner le tout, Bordeaux se fait sortir de la Coupe de France par Toulon (N1), , Rohr remplace Muslin à la tête de l'équipe première.
En Europe la saison commence tôt pour les Girondins avec la coupe Intertoto débutant le 1er juillet. dans la toute nouvelle Coupe Intertoto. Après 6 matches (5 victoires et 1 nul), les Girondins accèdent à la C3 !
Là, ils retrouvent les Allemands de Karlsruhe, victoire 2-0 en Allemagne, nul 2-2 à Lescure. Victoire 2-0 à Vardar, puis 1-0 à Volgograd , pour affronter le Betis Séville en 1/8 de Finale. Victoire à l'arrachée 2-0 à Lescure sous le déluge, puis qualification obtenue en Espagne malgré la défaite 2-1,
En Quarts de Finale, les Girondins ont rendez-vous avec l'histoire. Leur adversaire : Milan AC. Les Bordelais s'inclinent logiquement 2-0 à San Siro.
Le retour, c'est la légende... 19 Mars 1996, 32000 spectateurs assistent à l'élimination du plus grand club du monde, 3-0, par des Bordelais irrésistibles ! Victorieux (1-0 deux fois) du Slavia Prague en demi-finale, les Girondins tombent finalement en Finale face au Bayern de Munich
En finale aller , le Bayern s'impose 2-0 puis 3-1, dommage. Les Girondins établissent quand même le record du nombre de matches européens en une saison (20 !)