A l'Orée de la saison 97/98, les Bordelais enregistrent le départ de Rolland Courbis qui est remplacé par Guy Stéphan. Bordeaux s'incline au premier tour de la Coupe UEFA face aux Anglais d'Aston Villa (0-0/0-1). Elie Baup, adjoint de Guy Stéphan prend en main l'équipe au mois de janvier. Les partenaires de Michel Pavon parviennent de nouveau en finale de la Coupe de la Ligue. Ils s'inclinent une nouvelle fois aux tirs au but, après une rencontre somptueuse contre Paris SG (2-2/ 2-4 t.a.b). Malgré cette défaite, les Bordelais obtiennent leur billet pour l'Europe grâce à une superbe deuxième partie de championnat.
1999 est également un moment fort des années 1990 pour les Girondins. Le parcours européen des Girondins version 1998-99 a largement dépassé les espérances. Bordeaux est seulement éliminé en quarts de finale par Parme (2-1/ 0-6). L'aventure européenne s'arrête nette,
L'équipe qui débute la saison 1998-99 est dirigée par Élie Baup et va lutter toute la saison pour la première place avec l'Olympique de Marseille.Le championnat ne donnera son verdict que lors de la dernière journée du championnat, les deux équipes sont à 69 et 68 points avec l'avantage pour les Girondins. L'OM se déplace à Nantes tandis que les Bordelais doivent ramener la victoire du Parc des Princes de Paris. Alors que l'OM ouvre le score à la 38e minute par Robert Pirès, Bordelais et Parisiens sont à égalité 2 buts partout quand Baup fait rentrer Pascal Feindouno, qui va venir battre Bernard Lama à la 89e minute, offrant le premier titre en douze saisons aux Girondins.
La récompense du titre de champion de France se nomme la Champions League. Pour leur première participation, les Marine et Blancs réalisent quelques performances de très haut niveau notamment face aux Russes du Spartak Moscou. En championnat, la course à l'Europe était intense. Longtemps distancés, les Girondins sont revenus tambour battant en alignant 6 victoires consécutives, un sprint qui s'achève au pied du podium.
Après une saison 1999-2000 placée sous le signe de la découverte de la Champions League, les deux saisons suivantes sont celles de la confirmation.
En 2000-2001, Bordeaux affiche sa cinquième qualification européenne consécutive grâce au championnat. La saison suivante, les Girondins obtiennent la sixième à la faveur de leur triomphe en Coupe de la Ligue.
Une Coupe, pourtant, sourit aux Girondins. La Coupe de la Ligue 2002 remportée aux dépens de Lorient (3-0) est le premier trophée bordelais du troisième millénaire. Après une phase de deux années difficiles, les Girondins renouent avec les victoires durant la saison 2005-06 en terminant deuxièmes de la Ligue 1
Les bordelais retrouvent la Ligue des Champions (leur deuxième participation à la compétition-phare européenne depuis la saison 1999-2000) après deux ans d'absence en coupe d'Europe.
Cette remontée surprise est due au changement d'entraîneur (Ricardo remplace Pavon) et au discret mais excellent recrutement d'intersaison pendant l'été 2005. Les dirigeants girondins se sont plongés dans les transferts : ils veulent garder tout l'effectif, ce qui paraît difficile... L'international français (et ex-Bordelais) Johan Micoud, en provenance du Werder de Brême est recruté.
Mais la faiblesse financière de Bordeaux dans le football moderne, avec un budget qui avoisine seulement les 65 millions d'euros, limite les ambitions.Après une saison 2006-07 mitigée en championnat et en Ligue des Champions, où elle n'a pu passer le premier tour, l'équipe des Girondins renoue avec le succès en remportant, le 31 mars 2007, la Coupe de la ligue pour la deuxième fois de son histoire contre l'Olympique lyonnais grâce à un but du défenseur Henrique sur un corner de Micoud à la 89e minute de la rencontre.
C'est le premier trophée de Bordeaux depuis 2002 et il leur permet d'assurer la qualification pour la Coupe UEFA pour la saison 2007-08.