Sous le régime de Vichy, les règlements changent sans cesse. Les Girondins en font les frais, devant laisser partir leurs étrangers, le hongrois Szago, l'espagnol Artigas, et Rummerhardt. Ils finissent 5èmes du groupe Nord en 1942 et 4èmes en 1943.
Il y a néanmoins du changement, au niveau des entraîneurs : Benito Diaz est parti en 1942, remplacé sans succès par le hongrois Stern. Ce dernier laisse en cours de saison sa place à... Urtizberea, promu entraîneur-joueur.
Il va mener ses troupes à leur deuxième finale de Coupe en 3 ans Dans cette édition 1943 de la Coupe de France, les Girondins se défont de Saint-Nazaire-Penhoët 4-0 en huitièmes, écrasent le frère ennemi du B.E.C. 6-2 en quarts, et battent le Red Star 2-1 en demi-finale. En finale de la zone occupée, ils doivent s'y reprendre à deux fois pour venir à bout du Stade C.A. Paris (0-0 puis 6-3), puis ils battent Lens 2-1 en finale interzone, gagnant ainsi le droit d'affronter l'Olympique de Marseille en finale.
Le 9 Mai 1943, devant 30000 spectateurs au Parc des Princes, l'O.M. et les Girondins font match nul 2-2, mais les Bordelais s'estiment lésés. En effet, sitôt après l'ouverture du score pour Marseille par Pironti, Rolland égalise pour Bordeaux. L'arbitre accorde le but, mais revient sur sa décision sous la pression des joueurs marseillais, qui réclament un hors-jeu. Le temps que le capitaine bordelais, le gardien André Gérard, traverse le terrain, il est trop tard, le jeu a repris...
On s'apprête donc à rejouer la finale, pour la première fois dans l'histoire de la Coupe, lorsque les Marseillais portent réclamation. Ils prétendent que Nemeur n'était pas qualifié pour jouer avec Bordeaux, alors qu'il a déjà disputé 29 matches avec les Girondins depuis son transfert du Havre !! La Fédération donne raison à l'O.M. qui l'emporte sur tapis vert, ce qui provoque un scandale !!
Le 17 Mai 1943, Bordeaux est écrasé sous les bombes américaines. Les aviateurs, gênés par le vent, ont raté leur objectif, la base sous-marine de Bacalan. Ce même jour, le colonel Pascot, commissaire général des sports, annule la décision fédérale et donne la finale à rejouer.
Cela se déroule le 22 Mai, sans Nemeur. Les Girondins, énervés, avec encore le bruit des bombes dans les oreilles, n'ont pas vraiment le coeur à jouer. Devant 32000 personnes médusées, ils encaissent un sévère 4-0.
Au cours de la saison 1943/44 le Colonel Pascot qui dirigeait alors le sport en France avait crée les équipes fédérales, des formations factices voulant représenter une région (Bordeaux-Guyenne, Lille-Flandres, Paris-Capitale, Toulouse-Pyrénées, etc...). Les Girondins en profitèrent pour devenir champions de France amateurs aux dépens de Cannes battu 2 à 1.