En 1944-45, les Girondins terminent seconds du groupe Sud, à égalité de points avec le FC Lyon. Ils font donc partie l'année suivante des 18 équipes qui composent à nouveau la Division 1 à poule unique.
Mais les départs ont été plus nombreux que les arrivées, l'entraîneur anglais Bunuyan ne fait pas l'unanimité, bref, la prise de contact avec l'élite est difficile. Malgré la présence de l'arrière gauche des Bleus, Jean Swiatek, les Girondins finissent 14èmes sur 18, et ne doivent leur salut qu'à la différence de buts (-1, contre -26 pour Lyon, relégué).
Le miracle ne se reproduira pas la saison suivante : 18èmes sur 20, Bordeaux rejoint la D2. La descente permet de clarifier les choses et de mettre en place une structure solide. L'ancien gardien André Gérard devient entraîneur, le groupe se soude, la remontée est au bout du chemin. Au cours de la saison 1947/1948 , Arnaudeau marque 28 buts et finit meilleur buteur de D2. Mais cela ne suffit pas; alors, on fait parler la poudre En 1948-49, les Girondins inscrivent le total ahurissant de 107 buts dans une D2 à 18 clubs, dont 41 buts du seul Libar ! Cette fois, c'est la remontée...
Pour ce retour dans la cour des grands, Les Girondins, s'étaient renforcés en début de saison avec les signatures de Ben Arab, Meynieu mais aussi l'arrivée des jeunes des Coqs Rouges Astresses et Dupeux, et un renfort de choix : l'international néerlandais Albertus de Harder, "le divin chauve". Cet ailier gauche d'exception va donner aux Girondins leur premier titre.
Se reconstruire après la guerre