A l'issue de cette saison fabuleuse, on réalise vite côté bordelais que cette nouvelle équipe ne possède pas l'entente totale qui a fait le succès de sa devancière. De ce fait, le titre s'échappe rapidement, au profit du Paris SG. Seul fait marquant de ce championnat pour les Girondins : le 18 Janvier 1986, ils s'inclinent à Monaco sur le score de 9-0,
Pour sauver la saison, reste la coupe de France..en demi-finale. les Girondins tombent sur le Paris SG. Au match aller au les bordelais arrachent le nul 1-1. Au Parc Lescure, les Girondins s'imposent 2-1 et se qualifient pour leur 8ème finale.
Au Parc des Princes, l'adversaire désigné est l'Olympique de Marseille . Diallo ouvre la marque sur pénalty . Tigana égalise . Giresse donne la victoire d'une superbe balle piquée 2-1 : après 45 ans d'attente, la Coupe est enfin de retour à Bordeaux !
Fin Juillet 1986, la nouvelle fait l'effet d'une bombe dans le milieu du football : Alain Giresse quitte Bordeaux ! En désaccord avec Claude Bez , il rejoint Marseille .
Pour cette nouvelle saison, le recrutement a été conséquent. Un recrutement ambitieux et très cher . Les résultats sont donc impératifs, ils seront au rendez-vous.
Le sacre définitif a lieu lors du match suivant où les Verts sont défaits 1-0 tandis que les Olympiens tombent à Paris 2-0. Bordeaux, champion avec 4 points d'avance.
En 32 eme de finale de la coupe de france bordeaux bat le racing 3-1. En Seizièmes de Finale, Gueugnon tient le nul 0-0 sur ses terres mais s'incline 3-1 à Lescure. En huitièmes, Monaco. Les Girondins gagne 1-0 à Lescure, laissant la victoire au retour aux monégasques 2-1. En quarts de finale contre Lille : l'emporte 3-1. Au retour, Vujovic ouvre le score. Les lillois marquent deux fois , mais cela ne suffit , Bordeaux est qualifié.
En demi-finale, les Girondins peinent à éliminer Alès : 2-2 à Alès, et un pitoyable 0-0 à Lescure.Le 10 Juin 1987, au Parc des Princes, Bordeaux s'impose 2-0 contre Marseille
La campagne européenne commence avec les irlandais de Waterford. 2-1 en Irlande, 4-0
ensuite, c'est Benfica ! Au match aller, au stade de la Luz, les Girondins obtiennent un t nul 1-1, Le match retour est hyper tendu. Vercruysse marque d'un somptueux coup franc juste avant la pause, puis la défense tient. 1-0, Bordeaux se qualifie. En quarts de finale, l'adversaire désigné est le Torpedo Moscou. Les Girondins l'emportent 1-0 à Lescure puis perd 3-2 , Bordeaux se qualifie
En demi-finale, les Girondins retrouve le Lokomotiv Leipzig, 1-0 pour Leipzig ! Le match retour s'annonce délicat: Dès la 4ème minute, Zlatko Vujovic, remet les deux équipes à égalité. La prolongation ne donne rien, on en arrive donc aux tirs au but. Il faut trouver un 7ème tireur à Bordeaux c'est Zoran Vujovic qui s'y colle, et qui rate.
En 1988 Claude Bez casse une nouvelle fois sa tirelire . L'investissement est lourd, et cette fois-ci, la réussite n'est pas au rendez-vous. Les Girondins se font éliminer en coupe d'Europe par Naples, sont ridiculisés par Beauvais dès le premier tour de coupe de France, et surtout terminent treizièmes du championnat. Ces mauvais résultat entraînent le limogeage d'Aimé Jacquet en cours de saison, c'est la fin de 8 années de rêve.