Le 6 juin 2011, lors d'une conférence de presse au Haillan, le président Jean-Louis Triaud annonce officiellement l'arrivée de Francis Gillot pour un contrat de 2 saisons en tant qu'entraineur des Girondins de Bordeaux. La première partie de championnat n'est guère réjouissante. Les Girondins connaissent un début de saison poussif malgré une amélioration des résultats à l'approche de la trêve hivernale. Après un beau mois de février durant lequel les Girondins battent successivement Toulouse, Lille et Lyon, les Girondins connaissent un parcours plus mitigé en mars qui les éloignent à nouveau des places européennes.
En 2012, après une série de 6 victoires consécutives en fin de saison, Bordeaux termine à la 5e place du championnat et se qualifie pour les barrages de la Ligue Europa. Les Girondins retrouvent l'Europe, deux ans après leur dernière apparition en 2010.En huitième de finale les Bordelais ont affronté les Portugais du SL Benfica. Après avoir été défaits à l'aller au Estádio da Luz sur le score de 1 à 0, les Marine et Blancs ont également perdu 2-3 au stade Chaban-Delmas.
Le 31 mai 2013, les Girondins de Bordeaux remportent leur 4e coupe de France grâce à un doublé de Cheick Diabaté (39e minute et 89e minute) et un but de Henri Saivet (54e minute) face à Évian, juste après que les jeunes du club aient remporté la Coupe Gambardella 1-0 contre sedan . Les Girondins de Bordeaux se qualifient ainsi pour la Ligue Europa 2013-201424.
Lors de la saison 2013-2014, les Girondins terminent la phase aller en championnat à la 4e place du classement de Ligue 1. En Coupe de France, les Girondins, tenants du titre, sont défaits sur le terrain de l'Île-Rousse Monticello aux tirs au but en seizièmes de finale de la compétition.La seconde partie de championnat s'avère compliquée. les Girondins n'enchaînent pas les bonnes performances. . La fin de saison est agitée par le départ de l'entraîneur Francis Gillot, la non-qualification pour une Coupe d'Europe pour la saison suivante.
Lors de la saison 2014-2015, les Girondins ne disputeront pas de Coupe d'Europe puisqu'ils terminent à la 7e place de la Ligue 1 la saison passée.Willy Sagnol devient entraîneur du club à partir de juin 2014, il enchaîne une série de 3 victoires consécutives lors des trois premières journées de Ligue 1, à Montpellier (0-1), à Lescure face à Monaco (4-1) et à Nice (1-3).
Les Girondins jouent leur dernier match au parc Lescure contre Nantes lors de la 36e journée. Ils s'imposent 2-1 grâce à un doublé de Diego Rolan.
Ils jouent la 38e journée face à Montpellier dans le nouveau stade de Bordeaux. Ils l'emportent sur le score de 2 buts à 1. Deux cent anciens joueurs des Girondins sont invités dont Zinédine Zidane qui donne le coup d'envoi de la rencontre.
Le nouveau stade est un stade multifonctions, inauguré le 18 mai 2015 sous le nom de Nouveau stade de Bordeaux, dans le quartier de Bordeaux-Lac à Bordeaux. La société Stade Bordeaux-Atlantique a construit et gère l'enceinte.D'une capacité commerciale de 42 115 places et équipé d'une pelouse hybride PlayMaster, il est le sixième stade français en nombre de places assises.Le 3 septembre 2015, le stade prend le nom de Matmut Atlantique, selon le concept du naming (ou nommage),Une partie des supporters du FC Girondins de Bordeaux mécontents de l'appellation de l'enceinte ont décidé d'organiser un vote pour choisir un nom d'usage pour le stade. Les résultats du vote sont connus le 27 septembre 2015 et le nom René Gallice est choisi en hommage à l'ancien joueur du Football Club des Girondins de Bordeaux.
Willy Sagnol est limogé le 14 mars 2016 à cause des mauvais résultats des Girondins de Bordeaux en Ligue 1. Il est remplacé par Ulrich Ramé, il est assisté d' Eric Bedouet,
Après une saison difficile couronné par une 11e place, les Girondins engagent Jocelyn Gourvennec, afin de relancer le club. L'ex-entraîneur guingampais pourra compter sur de nombreuses recrues mêlant expérience et jeunesse, Après une première partie de saison marquée par les difficultés à trouver un équilibre dans le jeu les hommes de Jocelyn Gourvennec se relancent en deuxième partie de saison et luttent jusqu'au bout pour les places européennes. À l'issue de la saison, les Girondins retrouvent la Ligue Europa en terminant à la 6e place de la Ligue 1.
L'année suivante la première partie de saison est catastrophique, avec notamment la pire série de résultats depuis 1970. Gustavo Poyet, nommé entraîneur à la place Jocelyn Gourvennec fin janvier, parvient à redresser l'équipe de manière spectaculaire. Enlisés dans la lutte pour le maintien, les Bordelais enchaînent les victoires en deuxième partie de saison et terminent à la sixième place, ce qui leur donne le droit de disputer la Ligue Europa. .